Durch die Belastung des Rauchens sind die Abwehrkräfte des Bronchialsystems eingeschränkt. Im Vergleich zu Nichtrauchenden enthält die Mikroflora des Nasen-Rachen-Raumes von Rauchenden weniger natürlich vorkommende Bakterien, die normalerweise die Ausbreitung schädlicher Bakterien verhindern. Dies begünstigt eine Besiedlung mit Krankheitserregern.
Bei Tabak gehen die größten immunologischen Gefahren von Nikotin und Teer aus. Insbesondere Nikotin und Teer schwächen die Reaktion des Körpers, den Erreger abzutöten. Dadurch wird die Immunabwehr des Körpers unterdrückt.
Ein bis neun Monate nach dem Rauchstopp steigt die Immunabwehr nachweislich, hält die American Cancer Society fest. Das Aufhören vermindert insgesamt die Anfälligkeit für Infekte wieder. So reduziert der Rauchstopp die Symptome für Erkrankungen in den Atemwegen und verbessert die Lungenfunktion. Dabei normalisiert sich auch das Verhältnis der Bakterien im Nasen-Rachen-Raum, wodurch die Gefahr, an einer Atemwegsinfektion zu erkranken, sinkt.
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